Expedientes ligados a actos de corrupción y delitos graves, como homicidio, han sido extraviados por distintas dependencias.

De acuerdo con el Sistema Nacional de Transparencia, Acceso a la Información Pública y protección de Datos Personales (SNT), a través de la Comisión de Archivos y Gestión Documental, entre los documentos extraviados está el expediente integrado en 2013 de la exlideresa sindical Elba Esther Gordillo y algunas pruebas del asesinato del activista Samir Flores.

La Secretaría de Desarrollo, Agrario, Territorial y Urbano (Sedatu) tampoco tiene convenios firmados por 185 millones de pesos y el Instituto Jalisciense de Asistencia Social perdió denuncias sobre robo de vehículos y autopartes en los corralones.